法官依据合同法确认房屋物权属于被告合法吗？

法官依据合同法确认房屋物权属于被告合法吗？2000年的协议，买家是从我三叔手里买的属于我父亲的房屋，我父亲在生前没有告诉我卖房，我三叔还拿出一份说是我父亲卖房给他的协议，但上面的签名不是我父亲亲笔签字，一开始中证人（我姑）说上面有我父亲亲笔签字，但在我拿出证据之后，证明签字不是我父亲的之后，我姑就改变了说辞，说是我父亲让她代签，我父亲摁的手印。
   我三叔卖给买家时时，没有取得房屋产权证书，手里也没有我父亲名字的房屋产权证书和宅基地证书。买家和我三叔签协议时，产权人写的是我三叔名，买家在协议上写有经公证登记之后产权归买受人的文字，但至今买家没有办理公证登记，买家还把房屋翻建了。
   一开始我认为买家的这种行为是违建，所以举报到政府，政府责令买家补办手续，至今买家也没有进行补办。
   我又把我三叔和买家一同起诉至法院，要求确认合同无效和要求买家限期腾退。我认为我三叔和我父亲的协议不是我父亲真实意思表示，因为房屋的宅基地证书一直保管在我母亲手里，没有丢失，但在协议上，我姑写房照已丢失，由买方自行补办，但至今我三叔都没有去补办，直至我父亲2012年去世，我三叔都没有找我父亲补办。
   一审法院以在我父亲去世之前，长达12年的时间内对卖房没有提出异议，认为我父亲知晓卖房行为，所以认定合同真实有效。
    我在今天去判后答疑，我在庭审过程中，增加了一项诉讼请求，要求确认在我父亲宅基地上所建房屋的物权归属。
    法官说依据《合同法》确认物权归买家，请问这种判决合法吗？判决书本院认为中还没有写明确认物权归属买家的事实和法律依据。