劳动纠纷问题(牵扯民事诉讼及经济纠纷)

各位律师你们好。
我在青岛某商场从事销售工作，服务的品牌公司在上海，当时签订的劳动合同也在上海（由上海的劳动代理机构代办）。半年前因故离职，半年后在与新单位签订劳动合同时被原

单位告知半年前离职时商品库存不对，需要我对丢失的商品进行赔偿，但又拿不出具体的证据。并扣留了我的档案。
咨询过劳动仲裁机构，得知只能进行民事诉讼，而且是异地诉讼。请问这种情况下我应该怎么办？
在档案扣留期间的保险等损失该由谁来承担？如进行异地诉讼，过程中产生的差旅费，误工费及诉讼费用可否要求被告单位承担？
如果起诉是否要将原单位及劳动代理机构一起起诉？

盼复，万分感谢。