房屋租赁纠纷

我公司有三层房产，一二层作为门面出租，三层作为办公场所自用。该房产自建好后就将一二层一次性统一租赁给甲，再由甲转租给其他商户，这种状态一直持续到2010年10月，当时房屋租赁合同已到期，因某些原因，我公司当时不想租给甲，但甲表示还想继续租赁，一直到2011年2月，我公司与甲又签订一份租赁合同，合同期限自2011年2月自2013年2月，在2010年10月至2011年1月期间，甲未退房，在签订合同时表示会补交该段时间的房租，但合同签订后，甲方以合同的时间是2011年2月为由，拒绝支付该段时间的房租。2012年12月底，我公司分别通知甲及各商户，提醒他们我公司与甲的租赁合同快到期，请他们不要与甲续签合同。2013年2月合同正式到期，我公司通知商户与我公司签订合同，但有三家与甲于2013年1月已经续签合同，租期一年，且已经支付半年房租。到目前为止，我公司面临的问题是：
1、甲不停的找我公司要装修赔偿及转让费，理由是她租房子的时候是毛胚房，为了把房子租出去进行了装修。我公司查看了合同，合同里并没有该项规定，因此我公司 拒绝支付。
2、商铺表示与甲的合同未到期，所以不愿签订合同，后来经过协商表示可以签订 合同，但合同的期限应从2013年6月算起，之前的房租他们已经交给甲了，我公司不能接受，因为我公司与甲的合同与2013年2月期满，商铺作为门面的直接使用人，房租缴纳的时间应从我公司与甲到期日开始计算。
接近年底，我公司想尽快解决这件事情，想问一下，我公司如果直接把没有签合同的门面门锁上会不会违法？应该采取什么措施可以尽快解决？