关于事业单位职工辞职违反服务年限条约赔偿的问题

我现在就职于北京某国家机关单位下属的事业单位，为在编职工，进单位时单位给落了户，给了编制，但没有签订任何劳动合同等，仅签订了一份5年服务年限的条约，为一式一份单位存留。
工作了一年多，由于单位待遇很低，加之今年政策将对于底层年轻人的福利都去除了，工作气氛懒散，不符合年轻人思想观念，想提出辞职。 
原本签订的条约规定不满5年需要违约金每年两万，但单位今年单方面更新了服务年限条约，改为不满5年需要违约金每年伍万。只有交够了违约金才能办理正常的人事手续，所以正常情况下我可能要交20万才能走人。
从我现在单位的情况看，单位不愿意放人，即使要放人也必须要交高额的赔款才行。
通过网上搜寻其他类似案列，有律师表示单位的这种条款不受劳动法支持，属于无效，不知该问题对于我是如何适用的。
请问我想要在不缴纳违约金（或者给予单位一部分赔偿，5万以内）的情况下，如何正常离职，单位并出具离职证明，正常办理档案转移手续，并且保留本人户口？
提前一个月向单位提出正式书面辞职申请是否从劳动法角度，有助于我正常离职？
整个离职过程中，我还需要注意备份哪些材料，以备用于申请劳动仲裁使用？
先谢谢各位关注本人问题的各位律师，祝马年吉祥。