劳动合同中前后矛盾怎么办？

我与2012年6月份到一家公司上班，2013年5月份签订了劳动保密协议，岗位是出纳，今年的2月28号将我无帮辞退，在协议中的第五项是这样写的：
第五项、劳动报酬
甲方应当每月一次以货币形式支付乙方工资，无正当理由，不得克扣或者无故拖欠乙方的工资，乙方在法定工作时间内提供了正常劳动，甲方向乙方支付的工资不得低于当地最低工资标准。
（一）甲方承诺每月15号为发薪日。
（二）乙方试用期为1-3个月，试用期工资甲乙双方协商，并且试用期间乙方工资不参与绩效考核，甲方视乙方试用期间表现可作提前结束试用期或予以辞退。
（三）经甲乙双方协商一致，对乙方的月工资报酬分为以下几部分：基本工资确定为1873元，绩效考核工资部分为274元，按照国家劳动法政策，公司应承担的劳动保险费用为593元，共计2740元。绩效工资部分根据公司相关制度考核结果确家。
六、社会保险和福利
（一）双方依法参加社会保险，按时缴纳各项社会保险费，其中依法由乙方缴纳的部分，由甲方代扣代缴。
（二）甲方应当将为乙方缴纳各项社会保险的情况公示，乙方有权向甲方查询其各项社会保险的缴纳情况，甲方应当提供帮助。
（（五） 员工如遇特殊情况无法将劳动保险档案关系转移至本公司无法在公司所在地缴纳保险的，公司统一将公司应承担的保险费用以货币形式发放个人工资中，乙方需要签订以下条款：
本人因个人原因，无法将劳动关系调转至本公司，本人同意将公司承担的保险费用部分以货币形式发放给本人，由此造成的一切法律后果由乙方自行承担，与甲方无关，如无异议，请在空白处签名并按手印（ 我签了名并按了手印 ）
现在我对事实先说明一下，我在签合同前实际的工资就是为2740元，并不包括保险，后来我们要求交保险，公司不同意，但又怕我们以后追究，所以才签了这份劳动保密协议，并在协议中把保险费特别列了出来，我们都觉得找份工作不容易，那时对劳动法不了解，怕不签的话公司把我们开除，所以就签了。
我根据以上的合同咨询以下几点问题：
1 这份劳动合同是否有违法的地方？
2 这份劳动合同中第六条中的第五项写的是劳动关系不在公司的，以现金形式发放，并且在补充中我也按了手印，但我的劳动关系是在公司的，这是否与第五条中列明的工资薪酬各项有矛盾的地方？
3 我们的工资表中分别列明的是基本工资为2740元，工领补贴100元，以及其他一些补助等，但没有把保险一栏列出来，因公司辞退时没有提前通知，我现在申请了劳动仲裁，要求经济赔偿金的时候，以哪个工资为准进行计算，是合同中的1893元，还是工资表中的2740呢？