急！！急！！辞职违约金问题！

我遇到了辞职违约金的问题，具体内容如下：
我与公司劳动合同签了5年，试用期3个月，见习期9个月，一年后定岗，现在试用期过了两个月我提出辞职，公司要求我赔偿违约金4000元。
在就业协议补充协议书上写着：乙方承诺，乙方报到后，经体检合格后签订劳动合同，乙方如拒签劳动合同或在入职后12个月内提出辞职以及在合同期内不服从工作安排、严重违反公司规章制度的，自愿向甲方支付招聘的机会成本、招聘费用4000元，并自愿支付给甲方所发生的各类培训费用、住宿费用、劳保用品等费用（据实计算）。
培训使用了6天的时间向新员工介绍公司的文化、业务，安全知识考试、英语考试等等，要培训费1000元；住宿费560元，劳保费用包含两套衣服、一个安全帽、一件雨衣共计500元。
根据劳动合同法，我提前三天提出辞职应该是符合规矩的，公司没有向我提供专项培训，我也没掌握公司的任何商业机密，所以违约金应该是不合法的。公司方面认为，就业协议补充协议书不属于劳动合同的一部分，是劳动合同外的协议，是我充分理解了协议后签订生效的，我应当承担上述费用并且上交违约金，否则不给我办理下续的辞职手续。
请问我该怎么办？