房屋租赁合同一个季度到下一个季度是按月初计算的吗

租赁期为3年 自2009年5月1日起至2012年4月30日止 
1。乙方须在签订合同时，向甲方缴纳保证金人民币500元整，租赁期满，乙方费用结算清楚并经甲方验收店面合格后，甲方退回上述保证金给乙方。
2。第一年为优惠期，免租金及物业费。第二年月租金为每平方米捌元整（含物业费）。第三年为每平方米人民币十元（含物业费）。
3。租金缴纳方式：第一年，签订合同同时缴纳第二年度第一季度的租金（含物业费）。1089元 租赁时间从陶艺街统一开业之日算起。第二年，从第二个季度开始交租金，每个季度的租金（含物业费）。合计为1089于每季度的第一天交付。第三年，每个季度的租金（含物业费）。人民币1361于每季度第一天交付。

我们是2009年8月28日一半的业主开了业， 另一半是2009年9月27开业，
我们都是按8月28日算的 今年11月28日去缴纳第二季度房费 
结果主管经理通知我们 每个店面要拿违约金 说我们应该是今年4月1日 来交第二季度的房租 。违约金按季度租金的5%一天计算 算起来违约210天 要赔21000多元人民 
请问我们应该缴纳吗 很急 谢谢