公司代缴医社保，但是全部费用从工资里扣

您好，我是刚毕业1年的学生，想咨询下，我工资3500，厦门户口，每个月公司交了300住房公积金，还有900多的医社保全部从我工资里扣，我实拿到手的工资只有2200多。公司说医社保是全部从工资里扣的，合同上写着工资3500，工资条上写的是基本工资是1200，奖金1700，应发合计2700，扣：公积金养老金等：438.97，是发工资2261.03。这样应该不合理吧？我可以去投诉吗？合同，银行卡工资账单，和医社保缴费证明，这些资料可以拿去劳动局告吗？还有，我是3月13号开始工作的，到9月5号离职，公司那边口头协议工资发到9月30日，实际上4月份我开始拿一个月的工资，一直到9月11号，一共领了6个月整的工资，合同上签的是4月1日开始，每个月10号发当月工资，这样我3月份13号之后到4月份之前的工资都没有了，公司方面表示已经给了半年的工资，所以不会再补3月的工资。这样合理吗？还有加班费的问题，因为做的是设计行业，6个月加了4个月班，白天晚上，周末都在上班，周末晚上也在加班，这样没有加班费，因为公司没有打卡，所以也没有证据证明加班，这样加班费该怎么办？公司本来承诺，这阵子忙完会发奖金，过一两个月要给我加薪，但是由于跟老板的大舅（也是公司的员工）发生些小矛盾。于是公司就把我辞退了，这样也没有奖金了。当时公司让大舅来跟我说离职的事情，大舅说，由于我的实力不符合他们所想要的，所以之前给我的工资高了，公司要给我降薪，要么就让我离职。我一个女生，加了整整4个月的班，没有怨言，现在公司居然以这样的理由要降薪，所以我选择了离职。要办离职手续公司让我写离职申请，由于不想把事情弄得麻烦，我写了由于个人原因申请离职。我想了解下，这种情况加班费能不能要回来，还有，工作半年，也是正式员工之后可以降薪吗？因为跟公司不太愉快，今天打电话咨询我的就业失业证，公司好像不太乐意很爽快的给我，我担心拿不回来，还有住房公积金转移公司要是不给盖章，离职证明什么的也不愿意给，这样要怎么办？迫切地希望得到解决。