农村宅基地纠纷

我家在农村,我们村上的田地都是由集体划分的,几年前我家就在划分给我家的土地上建房子,建房时国土部门相关人员都有来测量过,发的房产证上有注明了我家房屋到前后左右邻居家的距离是多少,但就是没有勾画出示意图,我家房产证上注明从定桩的地基到房后邻居家的旧房地基是4.9米,而这4.9米之间的部分并没有划在哪家的,我家实际起房子定桩又往里面做了一点，多留一部分出来为方便日后做排水沟的，但是他家把旧房拆了起新房基已超出了旧房地基,他们家房产证是画有示意图的,国土部门的人也说是他家做出村道了,但他家就是说那是他家的地盘,相关部门现在也说解决不了,现在我家排水沟也没得做，每到雨天，从山上排下来的水都积在我家房基那浸泡着。另外还有我家房子右侧是村道，后邻居是从这村道经过的，村上在修公路，修之前我家已把属于我家地界部分拉线定好桩位了，但修路时他们就趁我家没人在家就把桩位移走多做进了我家地界30多公分，原本那是多留出来做排水沟的，现在已没法排水，找相关部门的人来处理他们也承认是用进了我家地界,但路面已铺好不给挖，排水沟已没办法做了，司法部门的人让村委买排水管来埋下去做排水沟，村委说这是我们前后果两家之间闹的矛盾，不能用村上的钱来付，到现在也不给解决，当时修路村委会也有人在场，他不但监督不到位还纵容这种行为发生，如果要起诉村委是否也要承担责任，这起诉书如何写，是立为一起案件还是分为两起案件？我应该怎么办?希望得到您的帮忙解答,给予指导,不胜感激!