交通事故中的财产理赔问题

前不久我驾驶小汽车在变道超车时与对面疾驰而来的摩托车相撞，当时我紧急刹车已停车，但摩托车丝毫没有减速与我的小汽车相撞，造成摩托车几乎报废，小汽车车头受损，所幸摩托车司机无大碍，只是多处轻微擦伤，事故发生后，我第一时间打120将他送医院就诊，处理完交通事故后马上去医院交了门诊检查费和住院费，当时我的保险公司勘察员告诉我要我领个全责，这样这样几乎报废的摩托车就可以由保险公司报销，我买了车损险，我的小汽车维修费是有报销的，伤者的医药费也由保险公司按医保报销。第一次发生这样的交通事故，我有慌张又着急，保险勘察员说的这番话我没有听进去，因有人伤，我的车被交警队扣了，听说停车费很贵，第二天我就跟伤者协商去交警队拿车，去了交警队，交警就让我们协商处理，协议写好后就去他那结案。我想我有保险，我的修车费保险公司是应该赔付的，对方的摩托车保险公司也承若部分赔偿，医药费这一块保险公司也有承若，如是我们的协议内容要点是：我（小汽车）负责伤者的全部医疗费用并支付伤者1000元现金作为误工费及营养费，由伤者提供摩托车发票给我，由保险公司核保后将能报销的钱交给摩托车司机，协议双方互不想找并互不追究法律责任。双方协议签字后，马上就去找交警结案，没想到的是摩托车司机因无证驾驶，摩托车没有上号牌也没有买交强险，摩托车要负次要责任，我是大车（小汽车）负主要责任，我们签协议在前，交警责任认定在后，按照责任认定，我的修车费2243元中，有2000元要由摩托车的交强险赔付，剩余243元中的3成由摩托车司机个人赔付，现在摩托车没有买保险，我只能从他的摩托车款中扣除了，但摩托车司机以协议为由硬要求我按保险公司核赔的金额2400元全额支付，但我觉得很冤，就因为他也是事故的责任方才导致我的修车费没能报销，这责任理应由他来负，我这承认付给他承担我修车费后多余的部分。于是双方达不成共识，问题解不决，摩托车司机要上法院起诉我。请问律师，要是他真的按协议内容到法院起诉我，我真的要按协议内容支付全额摩托车赔偿款2400元吗？因为他也是事故的责任方导致我的修车款不能全额报销，我的损失又由谁承担呢？他也是事故的责任方，如果不按要求承担我的大部分修车费，他不就是一点责任都没有承担啊？我这样想对吗？请律师帮我解开这些疑惑，并教我怎么样处理这个事情。非常感谢！