轻松离职怎么这么难

我2010年11月7日进入一家公司，12月31日办理了公司要求的所有正规手续离职；本以为是按程序离职不会有什么问题，没想到1月18日这个公司告诉我，要在我12月份工资中扣1000多块钱；
理由如下：公司人事在武汉沌口给我交的社保，因为我是12月底离职1月份社保没能停掉，需要我自行缴纳；而又因为社保网站整改还有提前扎帐等乱七八糟的问题，2月份停保也没申请成功，导致2月份的也要我自己承担；可我现在公司已经开始为我2月份交社保；
我虽然知道1000块钱不多，和公司负责人事的人来回电话争论了几次，她说是社保局的问题，她不能和社保说NO，让我觉得精疲力尽，而且我觉得自己不该买这个单，心里很委屈；哎，经历了好几家公司，没有一家有这种情况，真是做个员工怎么这么难？