毕业生就业协议违约问题

您好：
我是2010年本科毕业生，在学校时和湖北一家企业签订了就业协议，毕业后我去那家公司后，感觉公司不适合自己，就离开了那家公司，大约在那边呆了一周左右吧，走得时候人事部不给退函，让交违约金3000元，我说协议上没有填违约金的事宜，他说，按说是这样，但这是按惯例填的，你不交钱，我不敢给你出退函，上级领导会批评我的，由于该单位说是第一年是试用期，不签合同，说以我们报道的所有人的报到证都没有交上去；我当时不知道就业协议及人事档案办理的重要性和作用，问了该单位人事部，说对户口迁移和职称评定有影响，暂时没什么影响，于是我又问他们我的档案怎么办，他们说按往年惯例，打回学校，之后我就离开了该单位，回到了河南，但问及学校却没有档案打回来，后了解到还在该单位，然我亲自去拿，要“表示一下”才行。
我准备等五月份就去交涉，拿档案，可是我还有很多不懂，我想问的是，我该不该交违约金，还有，还要不要让他们开退函，我毕业将近一年了，协议还有用不，拿到档案后，我该怎么处理，单位如果不给开退函，我该怎么办？
谢谢！