劳动合同中因霸王条款收取了叁仟元所谓的培训费（即押金）应如何索要返回？

本人是当事人，在我们当地一家政府事业单位但是是企业制的培训机构上班，单位成立于2012年4月。而我则从2012年5月上班至2015年7月8日，现已离职半个月左右。
    我们单位曾经和我们签了两个劳动合同，都是叁年期限合同（一个是2013年至2016年，另一个是2015年2月1日至2018年2月1日）。由于每次签订合同时都在年终大会上，并没有做任何通知，而我们单位也都是年轻人，维权意识薄弱，在这样的情况下，只能签订我们没法仔细看的格式合同。
    问题现在就在我签订的第二个合同上，合同第二十八条规定：“甲方出资培训的乙方服务期满一年后需向甲方支付叁仟元整的培训费，合同期满退还予本人。若合同期内因违反本合同的约定解除合同的则根据实际工作年限扣除相应培训费。”因此，从今年3月份开始到5月份，单位每个月从工资里扣除了1000元的所谓培训费。
    我是在6月8日向领导申请的离职，7月9日正式离开单位，提前了三十天申请和完成交接工作，并将全部公款及相关资料全数归还，手续非常齐全。在离开单位后，本月的24日收到全部工资，但未收到叁仟元的培训费。
    现在我也不知该怎么办，所以在这里请各位帮帮忙，帮我分析分析我该怎么索要回这些钱。
    相关信息：
    一、在我工作以来，单位并没有出资培训过我甚至我们单位任何一个员工；
    二、按照合同签订时间来算，我的服务期并没有满一年；而按照实际工作时间来算，我的服务期已三年有余；
    三、我并没有违反合同任一项规定；
    四、学院领导经讨论后决定按照我工作的时间退回相应的培训费（按合同签订时间来算，5个月应退回400多元），这一点已经与合同上的条款相悖了；
    五、作为一个与学院战斗了三年多的老员工，在情分上也认为我们单位非常不近人情；
    六、其实我们单位还有一笔工作补助（近陆仟元）并未发放给我，因是员工与单位的口头约定，虽已是实际报酬，但无文件证据，而且单位目前在岗人员也并未发放，无法争取，这个补助也让我非常难解决。
   
    望各位律师能帮忙参考参考，时间有限，超过六十天后我就无法再仲裁或者调解了，实在没经验，拜托大家了！谢谢！