事业单位辞职后扣留档案

我是一名应届毕业生，今年年初本省某市区政府人力资源和社会保障局来我们学校招聘，我觉得有编制而且待遇还不错就签了三方协定，违约金为一万，其他什么都没写，当时说让在职考研，不让脱产考研。但后来我听说在职考研只在本医院承认，学历还为大学本科，所以我又去咨询该区政府人力资源和社会保障局工作人员：‘如果我考研上之后辞职会有什么后果？’当时他答复我说：‘工作未满五年辞职要返还该区政府给的单身补助，而且他们以前没有遇到过类似事件，所以还没有明确规定。’我当时觉得如果是这样，我可以接受。但今年四月我校又有一个招聘会，他们来招聘，我的一个同学想签约，就咨询了和我同一个问题，他们的答复是：‘他们不会同意，如果执意辞职的话，会扣留档案。’
      我听同学叙述之后就在网上查询，网友都说事业单位辞职困难的话，可以找政府劳动仲裁部门。可是，仲裁部门就是人力资源和社会保障局。而签我的就是人力资源和社会保障局，他们说不放档案，那我之后是不是只能在职考研了能？可是很不甘心。
      如果以后我考上研之后辞职，而区政府不放我档案的话，我该怎么办呢？
      因为我想先积累一些经验后考研，拿到学位证，所以现在很焦虑，不知是否应该付给该区政府违约金然后再找其他机会，请给我一个建议吧···。谢谢！