劳动部门或法院可以不重视企业提供的证据裁决吗?

我司前段时间碰到一件劳动争议案：我司下属单位的一名员工，因不服从管理，擅离职守，搬弄事非，公司决定辞退此员工。此员工投诉至劳动仲裁委，要求补偿1200元。
    劳动仲裁委以“被申请人没有书面通知申请人解除劳动合同的决定所依据的事实和规章制度，且被申请人没有依法告知申请人单位制订的各项管理制度”为由，判我司给予被辞退员工1067元的补偿。
    实际情况是，被辞退员工有学习我司制订的有关规章制度，并有亲笔签名确认。庭审时被辞退员工却不承认。因此我司对劳动仲裁委的判决不服，上诉到中院，但中院又以“申请人的请求缺乏充分的事实和法律依据，本院不予采信”为由驳回上诉。
    相关的劳动法偏向劳动者可以理解，但是，劳动部门连同法院在审理劳动争议案件的时候，都可以不重视证据吗?公司拿出了相关证据，劳动者不承认，劳动部门就可以判定企业不对吗？企业该如何去做才可以避免类似的情况发生?诚请高人指点。