更改医师执业地点，原单位百般刁难

我是四川省凉山彝族自治区一县医院医生。因原单位未给我买各种保险，现在我提出辞职。因为我已考取另一单位编制，需要更改执业医师注册地点，原单位不给我签字，并要求我按进修协议赔原单位违约金，其中包括：
1、原单位培训费（我以借款方式向医院借的5000元，实际是我自己交的培训费，进修时间为2009年2月至2009年6月）
2、我未休婚假，原单位补助的费用1300元。
3、培训期间的4个月工资共4192元。
违约金的总和为以上费用总和的2倍，共计：20984元。
我咨询了几位懂法律的朋友，得知原单位所提违约金不合法，此事可通过劳动仲裁等法律途径解决，但花时间较长，而新单位要求我尽快注册，为尽快解决此事，我已与原单位多次协商，但原单位要求必须赔付上述违约金，而我只愿意归还所借的5000元，不愿支付其他不合法违约金，故咨询问题如下：
1、是否有其他尽快解决方法？
2、我若先赔付违约金（20984元），以后可否通过法律途径讨回，具体注意事项又是什么？
谢谢，急切期待您的回复。