特殊情况在微信上向领导说明辞职原因后三天没有去上班

于2015年10月在公司入职，前几天父亲突然需要手术，父亲手术后长期需要人照顾，我在微信上向领导提出辞职领导不同意辞职，说给长假，今天是没有请假连续第三天没有去上班，公司说合同规定连续三天旷工算离职，并支付公司损失。（之前参加过公司的培训，培训内容是：公司人员与公司合作的厂家人员培训仪器操作。并签了协议按了手印，协议上规定必须工作满一年，否则支付一万元违约金)想咨询 第一点：我是否需要支付公司违约金 第二点：连续三天不去上班公司是否可以按合同 辞退我并不支付工资。或索取其他损失赔偿  第三点：我在公司工作已经满三个月，与公司签订的事一年的劳动合同，公司在发法第三个月工资时没有为我缴纳社保，是不是属于违法，我可以以此为理由不用提前一个月辞职，并在公司发工资时直接去领取工资。