公司对劳动仲裁不服提出上诉

本人在公司工作2年，但是因为公司的人事管理不善，没有签订劳动合同。最近又因为公司连续半年不发工资，所以本人以公司没签订劳动合同和不按时发工资向劳动部门申请仲裁并提出解除劳动关系。仲裁的结果是公司需支付没签订劳动合同的补偿和没发工资的补偿。但是公司不服提出上诉。上诉的理由是没签订劳动合同的权利主张时效已过和工资已发，另外是我自己提出的解除劳动关系拒绝支付任何补偿。事实上工资是在我提出仲裁的一个多月后才发的。
请问：1.在离职时提出的没签合同算不算是权利主张时效已过？
      2.公司提出的那几点符合劳动法的解释吗？
      3.公司因为拿不出劳动合同就谎称档案被盗，这种做法法院会认可吗
      4.另外还有一点疑问：关于劳动法的经济补偿究竟按税前工资算还是按税后工资算？有相关的法律解释吗？