关于四金的咨询

我与07年1月进公司，签了1年的合同，之前没有什么疑问。07年底续签了一年，当时合同上面标明：税前，各项四金，税后到手的金额。
由于没有专业的人事知识，从第二年合同开始后就一直拿着合同期内税后到手的金额，最近我才知晓，四金并不是按照合同上面列支的金额支付的，问了公司人事，给出的理由是由于三金和公积金是按照上一年的平均工资算基数，而不是按当年的基数，
例如：（请忽略个人所得税及最第四金基数）
07年本人工资平均工资2000元，
08年的合同：
税前：3000元
三金：330元（3000*11%）
公积金：210元（3000*7%）
税后到手：2460元
我08年一直拿的是合同中税后到手的金额，最近才发现08年公司为我缴纳的四金为：360元（2000*18%基数为07年平均工资基数）

疑问：
1.如果说公司是按照缴纳基数的规定缴纳的，那么当初合同中四金的和实际缴纳四金之间的差额如何解释
2.若公司在签合同当初就存在问题的话，合同中四金的和实际缴纳四金之间的差额该如何要回
3.若合同中四金的和实际缴纳四金之间的差额可以要回，但考虑到在职期间提出会导致一些不必要的麻烦，能否离职后提出弥补差额，离职后会不会过了法律规定的时效

谢谢