2016年5月27日入职，28号正式上岗，任职某温泉休闲商务酒店女宾洗浴部服务员。工作单位每月20日

2016年5月27日入职，28号正式上岗，任职某温泉休闲商务酒店女宾洗浴部服务员。工作单位每月20日结算上月工资，故6月20日拿到5月28至5月31日四天工资。
6月29日晚餐在员工食堂就餐后不久身体出现不适，6月30日突发胃肠感冒，炎症引发高烧，上吐下泻处半脱水状态，在家休养数日未见好转。而后入院就诊，这期间无法正常到岗，但情况一直跟直属领导沟通汇报。这期间一直在家卧床，无心无力考虑和顾及其他，父母年老体弱（父亲心脏支架6个，母亲高血压半身不遂），脱离社会多年，根本不清楚人事工作流程，没有在第一时间开具诊断书。这期间我依旧跟直属上级保持沟通，讲明了原因。
母亲因为担心我的原因和天气变化，病情有些反复，医生建议尽快住院观察治疗。以个人角度出发，我不想耽误部门的正常岗位运作，但母亲确实需要我这独子照顾，无奈之下7月3日以短信方式提出离职，7月4日按照领导发来的标准格式，手抄后正式提交了离职申请，同时致电领导做了详细的补充说明。针对我的离职申请，领导一直没有给与正面审批结果，只是一再催促开具诊断书，所以个人觉得目前我仍属于在职状态。
7月8日，人事部经理对于我的离职申请给予回复如下“一：如果有7月1号到现在的诊断书，可以按照病假算（一天扣一天），没有就算事假（一天扣两天），在6月份工资里扣除。离职只有再岗时提教申请才行，再岗提交之日起进行最长30天的离职流程。二：公司酌情特批，无论是否出具诊断书，无法继续就职，无法在岗提出离职申请的话，直接扣6月份的半个月工资，然后可以马上进行交接，完成离职。”
试用期7天后手抄签写了一份“三个月内自愿放弃缴纳各类保险”的说明（不抄签不录用，试用期7天没工资），和一式两份的空白“劳动合同”，至今没再见到合同。
本人6月份工作期间没有存在违规违纪行为，我的岗位职责里更不包含关于公司财务方面结算问题，也没签署企业隐私保密协议。

请问，公司这种人事流程和处理方式合理吗？我该如何处理？如何应对？