这样的做法公司合理吗？我可以申请劳动仲裁吗？

本人在公司工作7年了，由于今年身体不是很好，公司今年初已取消了停薪留职的规定，我于8月1日以身体不适提出辞职，公司各级领导都已批准一个月后可以离职，半个月以后总经理找我谈话说如果我身体不好可以特批我休假2个月，经过与总经理沟通以后我决定同意总经理意见以请假的方式留下来，本人于9月十几号走公司内部流程申请休假两个月，我的直接上司也同意我休假两个月后回公司上班，并对对我说你可以先休假走请假单他们都会批准的，我会帮你跟，后来我在没有副总经理和总经理批准后休假了，当时我的直接领导已安排工作人员与我交接了没有做完的工作，人事总监也同意批准我休假了，可在我走了一个星期以后假单按流程走到副总经理那里时，他确在我的请假单上批注说公司没有此项休两个月假的制度不同意休假要我办理离职手续，如以后再想回来公司工作就重新办理入职，最后到了总经理那里批示结果是同意副总经理意见。我想请问一个员工休假直接领导与人事总监同意批准后是否已经可以生效了？还有在我本人不在场的情况下公司是否可以决定给我办理离职结算工资，问公司这样做有违劳动法吗？我能不能申请劳动仲裁？