劳动疑问

我于2015年3月12日进入这家公司，从一开始担任仓管一职，后来因人员的流动性和自身对公司业务的了解深入，先后担任了公司的销售、销管、附带部分财务工作，因公司制度不全面，在工作中出现了很多大大小小的问题，可在发生时公司并没有做出任何的处理和其他的东西，因为人员配置关系，老板当时也只是说让我注意和避免问题再一次的发生，也没说要扣钱罚款什么的；当时在任职两个月左右，公司告诉我转正了，可并没有叫我去签劳动合同，而且福利上也基本没什么改变，甚至没有社保、公积金，但看其他人都做下来了，后面也就没说什么了。如今现在再走离职流程，上月工资先是与工作心态不对扣一部分工资，而且发放工资是没有给我们提供核算工资的标准、工资条，而且每月还以年终奖金为借口每月扣除工资内200元。如今我申请辞职，现在在交接时又以以前存在问题的单据拿来说事：
①之前有个客户的账款问题我和核对，并带回了部分现金及一张欠条，而且现金、欠条我也都有交给财务，现在却要把欠条的钱扣在我身上。
②老板因生意来往，欠了一个客户一笔货款，与15年4月份左右来找老板索要，我当时有在场，但他们因沟通原因还惊动了派出所民警到场协调，协调后说是7或8月底付清。但实质情况我也不清楚，总得来说，那个客户在今年1月份的时候直接带人冲到了公司，要强行拿货抵款，虽为仓管，我一人无法抵挡，于是联系了老板也报了警，在货已装车后，民警到场，跟我说其他的不要我管，让我记住他们拉走的货物数量即可，后来老板到了，对方客户人也在，于是我将他们带走货物的单据交给老板后就下班了，当时已经是晚上8点左右了。至于他们后面的谈话我也不太清楚了。结果如何我也不知道了，后来也不了了之了。
③有个客户因运营原因，让所有关联客户与之清算，在账务清算时，因费用问题，对方财务在之前扣除了一部分费用后又扣除了部分费用，但费用金额都在合作合同内，但核算下了，确实多扣除了部分费用。如今这部分也算在了我头上。

鉴于此，我于7月5日提交辞职报告，眼看就要发工资和辞职申请到期，特意咨询！如今我该怎么做，对我才有保障。