货物丢失员工工资暂扣是否合法？是否可以申请劳动仲裁

客户14日晚下单，15日7:30司机到办公室室拿单提货，司机约8：30提货完毕回到办公室室，本人夜班正处下班交接时间，为确保交接准确，暂不接受异常处理，加上司机不能提供单据明细，本人不能点清楚司机提回的货物，本人交代司机一会后待白班调度上班后，等所有单据打印完毕后再与白班调度进行交接清点事宜。15日9点10分，司机打出送货单，本人已下班，司机并未向白班调度进行交接清点事宜就去送货。
货一直放行政楼大厅到16日。2011年12月16日，客户前来基地视察，为不影响客户对公司良好印象，营运服务部经理安排人协助对暂存在行政楼一楼大厅的电器及其它货物进行转移。由于时间紧张，负责转移人均未清点数量，把货物全部装上车后，车辆开到宿舍楼下停靠，当时未施封。后经提醒，直到晚上22:00才对粤车辆进行了施封。17日早上8:00再次安排车运作，过货时发现少一台电器，价值10000元电视机。

公司在事发后两个月才报公安机关处理，仅把本人（已签订劳动合同）的工资暂扣，说直到事情解决后才予以发放（不知何时解决），公司此举是否合法？事情未完全查明时有权利暂扣？我是否可以申请劳动仲裁要求公司按时发放工资？