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为认真贯彻落实《中共中央、国务院关于进一步加强土地管理切实保护耕地的通知》(中发(1997)11号)精神，依法整顿土地管理秩序，规范非农业建设用地行为，根据土地管理法律、法规和有关规定，现对非农业建设用地清查中查出的1991年以来发生的问题的处理提出如下原则意见：
一、对清查出的问题的处理，要本着尊重历史、面对现实、严肃法纪、实事求是，有利于保护耕地、合理利用土地，有利于促进经济发展、维护社会稳定的原则进行。通过清查处理，妥善解决一些历史遗留问题，规范非农业建设用地和管理行为；依法查处一批土地违法案件，树立土地管理部门的执法权威；总结经验教训，增强人们依法管地、依法用地、保护耕地的意识。
二、清查处理工作必须严格按照中发(1997)11号文件的有关规定执行。查处各类土地违法案件要依据土地管理法律、法规的有关规定，做到有法必依、违法必究、执法必严。设定和实施行政处罚，必须有法律依据，遵守法定程序。结合修订后的新《刑法》的实施，严厉打击严重土地违法犯罪行为。
三、清查出的非法批地、非法占地、非法交易、改变用途、土地闲置、浪费土地等问题，都要依法妥善处理。各类开发区、工商业小区，房地产开发和城镇郊区、主要交通干道沿线以及乡(镇)村建设用地发生的问题，严重违法、情节恶劣、影响较大，造成耕地大量破坏，土地资产大量流失的土地违法行为，要重点查处。
四、对于未经批准或骗取批准，超过批准面积非法占用土地的，无权或越权非法批准占用土地的，其占用的土地尚未使用，者虽已使用但严重违反土地利用总体规划和城市、村镇建设规划，不符合国家产业政策的；
或者属于国家严禁占用耕地的项目非法占用耕地的，要严格依法处罚，该罚款的罚款，地面建筑物或构筑物该拆除的拆除、该没收的没收，土地使用权该收回的收回、该退还的退还。
五、对于未经批准或骗取批准，超过批准面积非法占用土地的，无权或越权非法批准占用土地的，其占用的土地已经使用，且符合土地利用总体规划和城市、村镇建设规划，符合国家产业政策的，可给予经济处罚后，依法办理用地手续。
六、对于依法批准使用的土地，未经批准擅自改变土地用途，或者不按土地使用权出让合同约定的土地使用条件使用土地的；或者未达到法律、法规或土地使用权出让合同规定的转让条件非法转让土地使用权的，要区别情况，依法完善用地手续和土地使用合同，调整或补交土地使用权出让金，或依法没收违法所得，并可罚款直至无偿收回土地使用权。
对未经原批准机关同意或未按土地使用权出让合同约定的动工开发期限使用土地，造成土地闲置的，闲置满1年的，应依据《中华人民共和国城市房地产管理法》第 二十五条的规定收取土地闲置费；闲置满2年的，除因不可抗力或者政府、政府有关部门的行为造成动工开发建设迟延的外，可以依法无偿收回土地使用权。
临时使用土地，期满不归还的，责令限期恢复土地原貌，依法收回土地；拒不交出土地的，依法责令限期交还土地，恢复土地原貌，并可处以罚款。
七、对闲置土地的处理，要以消化利用为主。对土地闲置虽不满2年，但项目、资金不落实，短期内难以开发建设的，可调整给其他需要使用土地的建设项目使用。对因政府、政府有关部门的原因造成土地闲置的，可采取易地置换的办法调整使用其他土地。闲置土地属于耕地的，必须限期恢复耕种；对虽已填土平整，但仍可恢复耕种条件的，要组织复耕。
八、地方人民政府超越法定批准权限或者化整为零非法批准占用土地的，要责令其自行撤销原批准文件；拒不撤销的，由上级土地管理部门报同级人民政府批准后，对其非法批准用地的行为予以公告，宣布其批准用地的文件无效，并责令注销原土地使用证。
无权批准使用土地的单位(即非法定审批土地的单位)或个人非法批准占用土地的，其批准文件和已签订的用地合同无效。
地方人民政府违反土地管理法律、法规的规定以各种形式擅自下放土地审批权的，在下放土地审批权期间，被授权的人民政府(包括各类开发区)违法审批土地的批准文件一律无效。
经处理后，对具备用地条件，准予继续使用土地的，必须依法重新办理用地审批手续。
九、行政处罚要体现严惩少数严重违法者，教育大多数干部、群众的精神。对以牟利为目的，非法转让、倒卖土地使用权；非法占用耕地改作他用，造成耕地大量毁坏；滥用职权，非法批准征用、占用土地，或者非法低价出让国有土地使用权，给国家或集体利益造成重大损失的，要在经济上依法处罚，在行政上严肃处理。对于面广、量大、涉及千家万户且情节轻微的违法用地，应本着教育从严、处罚从宽的原则妥善处理，防止激化矛盾。对于列入国家计划的交通、能源、水利等建设项目和公共设施、公益事业建设以及国有困难企业未批先用、少批多占等土地违法行为的处理，应重在依法规范，完善用地手续。
十、根据违法行为人对土地清查和土地执法的态度，区别对待，对土地违法行为作出不同处理。凡能主动申报、认错态度好、积极配合清查处理的，可依法从宽处理。凡违法行为后果严重、态度不端正、群众反映强烈的，在中发(1997)11号文件下发后继续顶风违法的，要依法从严处理，对有关责任人，土地管理部门应依法向其所在单位或上级机关提出给予行政处分的建议；构成犯罪的，移交司法机关依法追究其刑事责任。
