比较而言，国际组织在组织内部法律秩序中产生的责任不是很常见的，即使有也主要表现在国际公务员法中，尤其是在一体化程度较高的欧洲共同体以及专门处理此类问题的行政法庭上。国际组织内各机构的行为，倘属不合法行为，不但不具有法律效力，而且还会因其不良后果使组织承担损害赔偿责任。[58]更有甚者，欧洲共同体还把这种义务扩展到由组织各机构或有关官员在立法活动或执法活动中履行职能时可能产生的所有损害后果上，[59]包括那些非合同责任。[60]欧洲共同体法院还由此发展出世所罕见的“共同体侵权法体制”。[61]同样性质的规则，在联合国海洋法公约附件三第22条中也有规定，国际海底开发局将对其在行使权力和职能过程中的不法行为造成的任何损害后果承担责任或赔偿。而某些国际金融组织，如世界银行，也正在小心翼翼地建立一种用以审查和决定组织机构行为在内部法中的合法性的机制。因为有公务员指陈，组织的某些正在实施的项目违反了组织的政策和指导原则，个人诉求也将因此而产生。[62]

    不过实践表明，国际组织在内部法律秩序中的责任，基本上是针对组织职员而言的，从形式上看，主要是损害赔偿责任。造成这些责任的原因，更多的不是来自组织各机构的不法行为，而是基于国际组织实际上充当着国际职员意外事故“保险人”的角色。但凡国际职员在履行职能过程中遭遇意外事故，通常都由国际组织承担损害赔偿责任，或代为要求损害赔偿，这在国际组织的内部规则中都有明确的规定。[63]

    2.国际组织在国内法律秩序中的责任

    国际组织在一个国家内存在和活动，作为国内法人格者，它具有承受国内法上权利义务的能力。它必须遵守驻在国的法律，如果有违反法律的行为，必须对该行为的后果承担法律责任。这种责任或者归因于组织订立的可适用国内法的合同，或者产生于因无视与合同相关的问题而导致的侵权行为。毫无疑问，如果组织参与订立的合同可适用国内法，那么组织对合同的不作为或过失行为都要承担国内法上的相应责任。这方面人们所熟知的案例有西土公司案和国际锡理事会案。在西土案中，阿拉伯工业化组织（AOI）因内部成员的意见纷争而中止了活动，从而也未能完成与西土公司订立的合资项目合同。西土公司提起诉讼，几经瑞士法庭的初步程序，最终被判决获得赔偿。该合同受瑞士法律管辖，AOI中止合同要承担根据瑞士法而产生的责任。[64]在第二个案子中，国际锡理事会（ITC）是一个商品协定组织，由于多种因素造成了它的破产，使之不能履行其在许多私法合同中的承诺，债权人因此在几个国内法院和仲裁庭起诉，其中多数在英国，也有在美国和马来西亚的，既起诉该组织，也起诉其成员国，大多数求偿诉讼在1990年获得最终解决。[65]在这两个案子中，国际组织在国内法中的责任问题并未受到置疑，也没有成为国内法庭上的核心问题。

    国际组织对其在一个国家领土内的活动造成的损害应承担国内法上的赔偿责任，已成为一个被普遍接受的原则，即国际组织的责任原则，该原则既适用于合同性损害，也适用于非合同性损害（即侵权责任）。同时，国际组织在一个国家内可能享受的司法管辖豁免，事实上也不会限制国际组织贡任原则在国内法庭的实施。有许多措施可以保证这类损害赔偿义务得到公平解决。例如，国际组织可以事先同私人公司订立保险合同，或者同东道国签订责任移转协议，来保证受损害者的权利。其他如设立求偿委员会，在合同中规定仲裁条款，组织主动发表放弃豁免权的声明等措施，都是可用来确定和实施国际组织责任的方式。绝大多数有关国际组织特权与豁免的文件均载明，组织有义务规定可供选择的解决争端的各种机制，如《联合国特权与豁免公约》第29节，《专门机构特权与豁免公约》第31节，以及各种总部协定等所做的规定等。