另外，多边协议在执行中还会有下列一些问题。首先，美国已采用运用反托拉斯法来提高它的商业利益，国际合作会加强美国以牺牲别国利益为代价行使这种做法。1992年，美国司法部表示对于在国外的竞争限制，但对美国出口有 “直接、实质和合理地可预见的效果” (Direct Substantial and Reasonably Foreseeable Effect)应适用反托拉斯法，即使是这类限制对美国消费者没有损害。1995年“国际商业的反托拉斯执行指南”(Antitrust Enforcement Guidelines for Internation Operations)重申了这一立场。指南规定了域外管辖的一个宽泛的范围：由外国企业参与的在外国市场上进行反竞争行为，影响美国企业在海外的商业活动。这一规定的一个显著特征是它强调对在外国市场的美国商业的市场准入构成影响，即符合管辖的要求。指南中的许多假设的例子说明美国对在外国企业间在外国进行影响美国商业机会(如投资或出口)的行动将予以追诉。

　　其次私人损害赔偿体系只在美国采用，虽然近年来私人诉讼的数目已下降，但它在反托拉斯法执行过程中依然扮演着十分重要的角色。其中的一个重要问题是潜在的私人原告将会有相当大的机会在美国取得政府的信息，特别是在基于合作协议而提供的信息的政府的竞争案件结束后，这对外国违法者进行三倍的损害赔偿是一个沉重的经济负担。事实上，多倍赔偿的可能性在美国反托拉斯法的域外运用中已引起了相当大的争议。一些国家制定法律来阻止美国的调查，并拒绝承认美国反托拉斯判决中三倍于损害的赔偿额的有效性。再者，国家间在执行能力、管辖范围和竞争法的制裁上有更大的差异。美国具有较强的执行、宽泛的管辖范围和最严厉的处理，比如，只有美国对某些卡特尔实际上采取刑事制裁。而刑事制裁需要有专门负责反托拉斯刑事制裁的特别机构，如美国司法部反托拉斯局，这也会引起合作中的争议。

　　这些问题合在一起会产生一个法律运用上的困难，即使在反竞争行为上达成一个合作协议，亦是如此。如在许多国家，商业界反对交换商业机密信息的任何立法，即使这种立法规定机密信息的交换考虑所有商业团体的安全因素。1996年国际商会(ICC)的一个反托拉斯机构间的国际合作的声明指出，ICC成员中的一个集团(主要是欧洲国家)反对机密信息的交换理由是缺乏有效的反托拉斯实体法的一致，而另一个集团(主要是北美国家)则支持这种信息交换。

　　国家反垄断法随着国际经济和国际竞争的发展它的不确定a性也将不断地予以克服。国际法由于是一种国家主权之间的一种规则，它缺乏国内法中克服法律不确定性的相应机制，这使得国际法中的问题常与利益问题、政治问题纠合中在一起，它的解决也并不单纯是一种法律的方法，这就使国际法在运用和解释上更加困难。从国际反垄断法的发展上也可以看到这一点。