综上，本院认定本案事实为：2006年1月28日10时30分许，原告驾驶其所有的云FC7476普通二轮摩托车（车载武钰程）与被告武方隅驾驶的云AB3394拦板小货行至鱼峨线K15+700m处时，因被告操作不当及违反限速规定与原告驾驶的摩托车发生交通事故。该交通事故造成原告武翠芝左膝关节急性软组织挫伤及其驾驶的云FC7476摩托车轻微受损的后果。事故发生当日，交警部门对该事故作出了责任认定，认定被告武方隅负全部责任。同时该责任认定书载明“①武方隅支付武翠芝摩托车购置金额款（以购置摩托车发票所注明金额为准）；②云FC7476摩托车由武方隅自行处理；③武钰程受伤检查费及医疗费用由武方隅支付；④赔偿期限自2006年1月29日零时零分至2006年2月4日零时零分止等”。2006年3月15日原告武翠芝诉至本院，要求被告武方隅赔偿其医疗费、车辆损失费、交通费共计6749.70元。庭审中，原告坚持诉称的理由及主张；被告坚持责任认定书中明确原告的摩托车归其处理，由其按原告购车发票中的金额支付给原告购车款的协议内容显失公平，要求变更该协议内容的意见。故法庭调解未成。

另经本院现场勘验查明，云FC7476摩托车受损范围及部位如下：后视镜一副、手把前护罩、后工具箱有擦痕，保险杆变形，前工具箱、前边条、脚踏板、前挡水板破裂。

本院认为，被告武方隅在驾驶云FAB3394货车过程中，因操作不当及违反限速规定的行为，导致其所驾车辆与原告武翠芝所驾摩托车发生交通事故。事故发生的过错行为与事故责任的划分问题交警部门作出的责任认定书中已作确定，且庭审中原、被告双方对责任认定书中就违规操作行为及事故责任的划分问题未提出异议。故本院对该责任认定书中关于被告违规操作行为及事故责任划分的事实予以认定。被告因其违规操作行为致交通事故给原告的人身、财产造成了损害，应承担相应的民事责任。在该交通事故发生后，原、被告双方在交警部门的主持下，就交通事故给原告的人身、财产造成的损害进行了调处并达成了协议，协调内容也记载于责任认定书中，依据当事人意思自治原则理应确认双方所为之约定，但经本院审查后认为，该协议中关于：“①武方隅支付武翠芝摩托车购置金额款（以购置摩托车发票所注明金额为准）；②云FC7476摩托车由武方隅自行处理”的内容，由于原告所有的摩托车受损部位多为擦痕，能够予以修复，应属轻微受损，依物权损害之诉的相关规定，应当对被损财物进行修复。且该协议中关于车辆归属的约定未考虑车辆受损程度、车辆使用年限及车辆折旧等因素，故协议中关于车辆归属的处理有失公平，违背了民法关于物权损害之诉的处理原则及规定，故本院对协议中关于车辆归属的处理应予变更。考虑云FC7476摩托车现由被告保管的因素，在车辆损坏的部位、范围确定的情况下，被告要求对损坏部位修复费用或损坏范围的价值鉴定已无必要，其将云FC7476摩托车被损的部位进行修复，原告受损的物权利益便得到了恢复。据此，依据《中华人民共和国》第四十二条、第七十四条、第七十六条，《中华人民共和国民法通则》第九十八条、第一百零六条、第一百一十七条、第一百一十九条、第一百三十四条第一款（七）项及《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十七条第一款、第十九条、第二十二条之规定，判决如下：