免税所得是指企业根据《企业所得税法》规定的税收优惠政策可以免征所得税的所得额一般情况下，免税所得应免征所得税，但在企业有亏损需要弥补的情况下，免税所得是否参与亏损的弥补，如果参与，应如何弥补等问题目前在实务操作中仍有不少人含糊，因此，本文着重谈谈企业免税所得弥补亏损中的几种处理方法。

企业免税所得税弥补亏损问题，国家税务总局《关于企业的免税所得弥补亏损问题的通知》（[1999]34号）文件中明确规定：“按照税收法规的规定，企业的某些项目免征所得税如果一个企业既有应税项目，又有免税项目，其应税项目发生亏损时，按照税收法规规定可以结转以后年度弥补的亏损，应该是冲抵免税项目所得后的余额。

此外，虽然应税项目有所得额，但不足弥补以前年度亏损的，免税项目的所得也应用于弥补以前年度亏损。“因此，免税所得在弥补亏损问题上，应该是先弥补亏损，弥补亏损后如有剩余，剩余部分再免征所得税。具体有以下几种处理方法：

一、在某一年度，企业既有应税项目，又有免税项目，但应税项目发生亏损时，免税所得弥补亏损的处理方法。

例1：A企业2002年通过会计核算确定应税项目全年亏损10万元，另有《企业所得税法》规定的免税所得额2万元。按照企业免税所得弥补亏损的规定，A企业2002年结转以后年度弥补的亏损额应为8万元（即10万元－2万元）而不是10万元。也就是说，A企业2002年应先用免税所得2万元弥补当年应税项目的亏损后，才能将余额结转以后年度并用以后年度的所得弥补，而不是先将免税所得免税，然后再将应税项目亏损结转以后年度弥补。

二、在某一年度，企业既有应税项目，又有免税项目，而且应税项目有所得额时，免税所得弥补亏损的处理方法。

例2：A企业2001年通过会计核算确定全年亏损10万元，并依法结转以后年度进行弥补。

情况一：2002年会计核算确定全年利润9万元，其中免税所得2万元；情况二：2002年会计核算确定全年利润11万元，其中免税所得2万元；情况三：2002年会计核算确定全年利润13万元，其中免税所得2万元。根据上述资料，2002年应弥补2001年亏损数的利润如下：

情况一：首先用2002年应税项目利润7万元（即9万元－2万元）先弥补2001年亏损；弥补后剩余的未弥补的亏损3万元，再用免税所得2万元弥补；未弥补完的2001年的亏损部分1万元可以留待以后年度弥补。

情况二：首先用2002年应税项目利润9万元（即11万元－2万元）先弥补2001年的亏损；弥补后剩余的未弥补的亏损1万元，再用免税所得1万元弥补；免税所得剩余的1万元，再免征所得税。留待以后年弥补的亏损数为0.情况三：首先用2002年应税项目利润11万元（即13万元－2万元）中的10万元先弥补2001年的亏损；弥补2001年亏损后剩余的应税项目利润1万元，再根据税法规定交纳企业所得税；而免税所得2万元免征所得税。所以，该企业2002年应交所得税＝10000元×33％＝3300元。

总之，通过上述分析举例可以看出，企业在有应税项目亏损的情况下，免税所得弥补亏损的正确做法是先弥补应税项目亏损后，才能免征所得税，而不是先免征所得税，后弥补应税项目的亏损。