如果合同中约定的违约金和定金是针对不同的违约行为，且两者在数额上的总和也不太高，在一方同时实施不同的违约行为形态时，两种责任形式是可以并用的。

    其次，违约金与损害赔偿的适用关系。一般来说，合同中约定的违约金应视为对损害赔偿金额的预先确定，因而违约金与约定损害赔偿是不可以并存的。违约金与法定损害赔偿是否并存，牵涉到违约责任的适用是否以发生实际损害为要件以及国家对违约金的干预问题。原则上可以说违约金的运用并不以实际损害发生为前提，不管是否发生了损害，当事人都应支付违约金。根据合同法第一百一十四条第二款规定：违约金低于损失的，可请求适当增加。据此，虽然违约金的适用不以实际损害发生为要件，但最终违约金金额大小的确定与实际损失额密切相关：法院或仲裁机构对违约金金额的调整是以实际损失额为参照标准的。

    对违约金和法定损害赔偿的适用关系可以概括为：①原则上不并存；②就高不就低；③优先适用违约金责任条款。法律教育网版权所有，转载请注明出处。

    据此，如果本题中的甲公司选择适用违约金条款，题中约定的1万元违约金小于损失2万元，甲公司可请求人民法院或仲裁机构增至2万元。除该2万元外，由于非违约方选择违约金责任请求后，并不影响其要求对方返还定金的权利，故甲公司向乙公司给付的定金5000元应予返还。则此种情形下，乙公司应向甲公司偿付总额为2.5万元。

    最后，定金与损害赔偿的适用关系。定金具有非补偿性的特点，其适用不以实际损害的发生为前提，因而是独立于损害赔偿责任的。但也不能认为它与损害赔偿金毫无关系，定金与损害赔偿责任的联系表现在定金责任与损害赔偿责任的并用不能超过全部货款的总值。

    结论：据此，如果本题中的甲公司选择适用定金条款，甲公司能得到定金双倍返还的(5000×2)＝1万元，同时乙还应支付给甲造成的损害赔偿金2万。则此种情形下，乙公司应向甲公司偿付总额为3万元。

    综上所述，本题中对甲公司最有利的选择是适用定金条款，由甲公司向其偿付3万元.