法律既保护被害人的合法权益和诉讼权利，同时也保护犯罪嫌疑人的合法权益和诉讼权利。法律规定了被害人对人民检察院对犯罪嫌疑人作出不起诉的决定不服的，可以申诉，也可以直接向人民法院起诉。同时也规定了犯罪嫌疑人对人民检察院依法对其作出的不起诉的决定不服的，也可以向人民检察院提出申诉。一般来讲，不起诉认定犯罪嫌疑人无罪的决定，被不起诉的人不会再就不起诉的决定起诉，但在不起诉的决定中，有一种情况是犯罪嫌疑人有犯罪行为，但从性质、情节和危害后果看都很轻，即犯罪情节轻微，按照我国刑法的规定对犯罪嫌疑人不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以对犯罪嫌疑人作出不起诉的决定。尽管人民检察院作出不起诉决定，被不起诉人认为我根本就没有犯罪，不存在什么犯罪情节轻微的问题，被不起诉人都可以向人民检察院提出申诉。这个申诉材料被不起诉人必须从收到不起诉决定书那天起７天内交给作出不起诉决定的人民检察院。为了更好地保护被不起诉人的合法权益不受侵犯，如果被不起诉人被关押，其权益受到了侵害，在确实证实他没有犯罪的情况下，被不起诉人也可以向人民检察院提出申诉的同时提出赔偿问题。
    被不起诉人向人民检察院提出申诉的，人民检察院在接到申诉后，必须认真进行复查，并作出复查决定。如果是人民检察院自侦的案件，人民检察院应当将复查决定通知被不起诉人。如果是公安机关移送的案件，人民检察院在通知被不起诉人的同时，应当将复查决定抄送移送起诉的公安机关。