将法律、法规授权一个行政机关行使的行政许可权，交给另外一个行政机关行使，是否是违反职权法定原则？有没有法律依据？这个问题必须要搞清楚。根据地方组织法的规定，省、自治区、直辖市的人民政府的厅、局、委员会等工作部门的设立、增加、减少或者合并，由本级人民政府报请国务院批准，并报本级人大常委会备案。自治州、县、自治县、市、市辖区的人民政府的局、科等工作部门的设立、增加、减少或者合并，由本级人民政府报请上一级人民政府批准，并报本级人大常委会备案、因此，科学、合理设置和划分政府部门，对政府部门的职能进行调整，是各级政府的职权。只要按照法定的权限和程序进行，就不违法。省、自治区、直辖市人民政府既可以决定设置或者撤销哪些政府部门，也可以调整现有的政府部门的职能。决定一个行政机关行使有关行政机关的行政许可权，属于调整其政府部门的职能，是其权限范围内的事、经国务院批准，履行了相应的法律程序，符合地方组织法的规定，不违背职权法定原则。
    草案曾将实行垂直领导的行政机关行使的行政许可权排除在相对集中行使行政许可权外。但有的意见认为，目前我国实行垂直领导的行政机关有两类，一类是中央以下垂直领导，如国税，海关等；一类是省以下垂直领导，如工商行政管理部门。这两类行政机关是不是都不能与其他行政机关相对集中行使行政许可权，值得研究，立法要为地方已开展的综合执法试点留有空间。最后考虑到相对集中行使行政许可权需经国务院批准，国务院可以在实际操作中具体掌握，法律就没有作排除性规定。
    二、相对集中行使行政许可权应当根据精简、统一、效能的原则
    精简、统一、效能的原则是毛泽东同志在抗日战争时期提出的，以后一直是我国国家机关和政府机构建设的重要指导原则。我国宪法也规定：“一切国家机关实行精简的原则”。党的十六大报告中进一步明确提出要“按照精简、统一、效能的原则和决策、执行、监督相协调的要求，继续推进机构改革，科学规范部门职能，合理设置机构，优化人员结构、实现机构和编制的法定化，切实解决层次过多、职能交叉、机构臃肿、权责脱节和多重多头执法等问题”。精简、统一、效能的原则是政府机构改革的原则。所谓精简，就是精简机构和人员，解决政府机构庞大，机构臃肿的问题，实行精兵简政；统一就是按照权责一致的原则，调整政府部门的职责权限，明确划分部门之间的职能分工，相同或相近的职能交由一个部门承担，克服多头管理、政出多门的弊端；效能就是提高政府部门的行政效率。决定一个行政机关行使有关行政机关的行政许可权，就是调整政府部门之间的职能分工，合理划分行政职权，是政府机构改革的一个内容。因此，相对集中行使行政许可权，应当符合政府机构改革的原则，符合政府机构改革的方向，为进一步推进政府机构改革提供思路，不能有随意性。