三方协议，劳动合同，违约金问题！谢谢

我是2012届毕业生，签了一个军工厂，现在来公司一个星期了，觉得公司不适合自己，所以准备离开公司！我之前只和公司签订了“三方协议”，没有签订劳动合同。“三方协议”上写的是：“乙方（本人）到甲方（公司）报道后，甲乙双方按照国家有关规定签订劳动合同。劳动合同签订后，本协议自动终止。” 后面其他约定类容备注中写了：“违约金本科生三千元”。现在我已经提出不在公司继续做了，公司人事部部长叫我交3000元钱才给我“干净”的档案，不然就会在我档案中写入“我被公司辞退”。这对档案来说是个“污点”。请问我需要交这3000元钱吗？公司这样写我被辞退合法吗？毕竟我没有签订劳动合同！我应该怎么做？谢谢。