劳动法与事业单位临时人员

2005年大学毕业即在某省级事业单位工作，但没有签订过任何劳动合同，单位也没有给缴纳过任何保险，2007年9月—12月离开一段时间，后因新劳动法即将实施，单位公开招考，于2008年1月通过考试又回到该单位上班，不过直到现在才要签订劳动合同，但合同却不是与该事业单位签订，而是与该事业单位下属的某公司签订，请问这样是否合理、合法？与事业单位本身签和与该下属公司签两者有什么区别？ 
由于本单位这样的情况还有很多，我们曾一起对hr部门提出过同样问题，但得到的解答是没有区别，都一样的，只是形式问题而已，这难以让人心服口服，同时与我一起考进单位的人都签了事业单位聘用合同，而我却与其他未参加考试但早在该事业单位的临时人员签公司合同，这也令我百思不得其解。 
基于胳膊扭不过大腿，该单位又给出，如果不签就要走人的最后通牒，我们只能同意签，但依然想知道这种做法是否合法，之前的工龄单位是否应该承认，各类保险是否应该由单位补交齐全或给予我们一些补偿吗？谢谢