乡信用合作社扣留农户“美丽家园”建设补贴款用予偿还贷款是否侵害了村民合法权益？

尊敬的各位法律专家：
    我是云南省蒙自市老寨乡老营盘村一村民，现将我村面临的一些情况向各位专家咨询。
    2015年云南省蒙自市老寨乡老营盘村被确定为建设“美丽家园村”村，近40余户农户很幸运的享受到了这一优惠政策。该优惠政策是按照政府出资补贴和农户出部分资金相结合的方式，将旧、危住房拆毁，由政府统一规划盖新住房、猪圈、牛圈。在拆迁旧、危房前，政府要求各户先将应出资的款项统一交给乡政府，不预先交钱的不得享受该优惠政策，待房屋建设完工后，由政府统一将补贴款和村民出资款一并支付给施工建筑方。
    经多次协调，2015年初，乡政府和村民达成了一致意见，按要求，90%的农户向政府交了3万元，政府补贴6万元（居民住房补贴4万、猪圈牛圈补贴2万）。于是该项目于2015年下旬开始动工开建，计划2015年春节前让农户入住，但由于各种原因，直到2016年中旬才得以基本完工。该项目款项2016年上半年已划拨到老寨乡“美丽办公室”，但款项到位后，由于该村部份农户因两年前向乡信用合作社贷款种植三七，之后因市价格猛降、自然灾害、管理等原因，最终所有农户颗粒无收，无能力偿还乡信用合作社及其它欠款。2016年上半年该补贴款项到帐后，就被老寨乡信用合作社扣留，作为偿还贷款费用。因此，政府要求现在所有支付房屋建设金额全部要农户自行支付（欠款的农户），本来就生活在水深火热的农户无钱支付此款项，多次到政府咨询无果。作为政府补贴农户建设住房专款，政府随意扣留还贷，现向各位法律专家咨询，乡政府和乡信用合作社如此做法是否合法？是否侵犯了村民的权益？
    急盼赐教，谢谢！