绩效员工工资问题

我们总公司在青岛，分公司全国有很多。员工用的是青岛的一家派遣公司做的派遣。我们的公司员工工资都是按照绩效来发放。比如：我们和员工约定的一个月做1000元的工作，我们收取20%的费用，不保底，如果员工要求有保底工资的时候，我们就可能收取50%的费用。这也是经过员工同意的。现在我们的西安分公司有稽查大队来检查，看到我们的员工有工资低于600元（当地的最低工资标准），要对我们处罚。我们应该从哪几方面着手，会让公司的利益损失最少？比如：1、有与员工的书面约定可以不？2、或者修改工资表？请您详细提出建议，深表感谢！！