层层审批、严格审查、多头登记的登记制度直接导致了企业登记的环节多，期限长，既严重影响了市场准入的效率，又加大了企业的成本支出，挫伤了人们的投资积极性。市场退出机制的不健全，既对已然和未然的债权人的保护产生障碍，又会给市场带来更多的不确定性，导致市场的运营成本增加，最终既降低市场效率，又损害市场的安全机制。这种登记体制，已经不能适应经济市场化和全球化的要求。

　　二、企业登记审批程序问题的成因

　　现行企业登记审批程序存在的问题有着复杂的历史背景，是多种因素综合作用的结果。

　　（一）计划经济体制的历史惯性。20世纪50年代，生产资料私有制的社会主义改造完成后，国家实行计划经济。在计划经济下，企业不是独立的经济实体，不以追求利润最大化为目的，成为行政的附属物。国家计划的落实、国民经济布局的实现，要求行政机关对企业的产、供、销、人、财、物等实施全面的管理；作为实现国家计划的工具，企业按行业实行归口管理，行业行政审批成为企业开办的主要程序与依据。这些因素，必然渗透到企业登记审批制度中去，形成企业登记制度层层把关、严格审查、多头登记的状况。在随后的经济市场化进程中，行政审批逐渐成为各级政府和部门管制经济甚至维护自身利益的主要手段，计划经济一定程度上演变为审批经济。

　　（二）立法方面的原因。现行企业登记法律法规带有转轨时期经济立法的鲜明特征，自身体系极不和谐。一方面，按照现代企业制度要求制定的《公司法》、《合伙企业法》、《个人独资企业法》颁布实施后，以所有制性质为基础的立法如《全民所有制工业企业法》、《城镇集体所有制企业条例》、《乡村集体所有制企业条例》等，没有进行相应的修改，仍然实行严格的许可主义登记。另一方面，以责任、组织形式为基础的立法，虽在立法中规定了登记的条件，有逐渐减少行政机关对商事登记的实质权力，向准则主义登记转变的趋势，但是这些条件中的援引性条款最后大多要以政策为条件且自由裁量的空间很大，导致登记准则制难以落实。

　　立法技术方面也存在诸多问题，如联合审批互为条件，导致了执法人员、当事人无所适从。一些法律、行政法规规定企业在设立登记前，应报经有关部门审批并领取许可证，企业凭许可证到工商机关办理登记，而有关主管部门规定申领许可证必须提交营业执照，造成证照矛盾。如《江苏省城市房地产交易管理条例》第35条规定：“房地产中介服务机构应当持有相应的资质证书，办理营业执照和税务登记，并在资质证书和营业执照核定的业务范围内承接业务。”但申请人在办理资质证书时，却又被要求提供营业执照。再如企业登记注册前是否需要报经有关部门审批，法律难以确定，从而造成推委扯皮。还有一些法律行政法规规定得较为原则，需要执法人员判断是否应报经有关部门审批，造成了执法的随意性。《中华人民共和国森林法实施条例》第34条规定，在林区经营木材，必须县级以上人民政府林业主管部门批准。但林区是指哪些区域，却没有明确规定。《中华人民共和国环境噪声污染防治法》第13条规定，新建、改建、扩建的建设项目可能产生环境噪声污染的，要按照国家规定的程序报环境保护行政主管部门批准。但哪些项目可能产生环境噪声污染，在执行中则难以掌握。

　　（三）思想认识的原因。企业登记管理体现了国家对市场自发调节缺陷的弥补，对市场失灵的克服，是国家对经济生活的一种干预和调节。这种干预和调节，仅以确认企业的商事主体资格，确保交易的效率和安全为必要。历史上看，作为对企业的组织和经营实行间接管理监督的现代企业登记制度，也正是企业摆脱封建行会的束缚及其对国家政权的依附，得以市场主体的地位从事生产经营，开展平等竞争的产物。在实践中，通行的企业登记制度也都以效率和安全为其价值取向，并以此为中心，进行合理的制度安排。在效率的维护上，统一登记、分类登记、形式审查、注册官制，成为市场经济国家较为通行的商事登记安排。在交易安全的维护上，具有浓厚大陆法系传统的澳门甚至在《商法典》第61条明文规定，“商业登记之目的系将商业企业主及企业之法律状况公开，以保障受法律保护之交易之安全”。 许多国家的商事登记法一方面强制商事主体申报自身信息、公示自身信息，另一方面，又将维持企业的存续作为贯彻商事登记始终的一项原则，规定了企业合并与分立、营业转让、公司重整、公司更生等制度，特别是企业退出市场的制度，以维护债权人和企业的经营者、劳动者的利益。