仓储质押融资首要的是选好质物，风险防范主要是选好企业和质押物品的变现能力，也就是说企业本身的信用和受监管货物是否足值，质物价值核定以全国市场价为主，采取库存和价格走势综合分析，互联网搭建信息咨询平台，期货市场报价，现货交易发票价等手段确定，价格咨询每日进行，在市场预警系统显示价格超越核定升跌幅度较大时，将及时调整，虽然质押贷款的质押物涵盖范围广阔，但金融机构一般不接受变现能力差、市场前景不明、质量恶劣、销售渠道狭窄、市场价格透明度不高、质量管理标准不规范、价格变动幅度过大的质押物，仓储融资质押贷款相对于其他贷款，其风险来源不同，但只要建立严格、科学的风险评价方法、管理制度、规范操作流程，其风险是能够得到合理控制的，始终贯彻的一条原则是：“人在货在钱就在！”。

仓储质押融资的风险主要存在于：内部管理风险、运营风险、技术风险、市场风险、安全风险、环境风险、法律风险和信用风险等。内部管理风险、运营风险是企业普通存在的风险，因缺乏足够的技术支持而引起技术风险，例如价值系统不完善或评估技术不高、网络信息技术落后造成信息不完整、业务不畅以及管理人员的玩忽职守、道德品质等；市场风险主要针对库存质物的保值能力，质物在库期间金融机构必须对其发生的各种损失负责（金融机构把此种风险转嫁到了监管公司），因此对各种潜在的安全风险都要加以考虑，还包括对质物保存的设施能否有效防止损坏、破坏、变质自然安全等问题；环境风险指政策制度和经济环境的改变，合同的条款规定和对质物所有权问题涉及法律风险，信用风险包括质物的合法性，客户的成信度；道德风险包括银行工作人员、监管人员、客户带来的风险。诸如银行工作人员与客户、监管人员与客户串通作弊、监管人员监守自盗、客户强行出库等，这些风险一靠严密的监管体系（各环节相互监督，相互制约）；二靠购买保险；三靠运用现代的管理和技术手段都是可以有效避免的。