随着人口增长和经济发展，水资源短缺和水体污染的问题日趋突出，跨行政区域的水污染纠纷如不能妥善解决，将影响社会安定和水污染的治理。跨行政区域大到一个流域，涉及几个省，小到一个水库，一两个乡，跨行政区域的水污染纠纷主要有：饮用水源的污染纠纷、养殖渔业方面的污染纠纷、农业方面的污水灌溉引起的纠纷。
    由于水污染纠纷的跨行政区域的特点，加之又关系人体健康，这些纠纷往往比较复杂，因此水污染防治法规定，跨行政区域的水污染纠纷采取协商、协调解决的办法。具体地说，跨行政区域的水污染纠纷，由有关地方人民政府协商解决，或者由共同的上级人民政府协调解决。“有关地方人民政府”是指水污染涉及的行政区的人民政府，一般为江河、湖泊、水库等的上、下游、左右岸的两个或两个以上人民政府。不同行政区的人民政府在解决跨行政区域的水污染纠纷时，应坚持平等协商的原则，当事人各方依法自觉自愿地达成协议；如难以协商解决的，可以由各方所在地人民政府的共同上级人民政府，而不是各自的上级人民政府协调解决，作出决定，有关各方必须执行。
    有关人民政府和上级人民政府在协商或协调解决跨行政区域的水污染纠纷时，应当遵循有利水环境保护，有利促进生产发展和社会安定，公平合理的原则，对有义务的一方应责成其履行义务；对因不履行义务而给他方造成损失的，应承担赔偿责任。