为了解决因行政登记中的混乱造成的对抵押权效力认定上的困难，最高人民法院在《关于适用〈中华人民共和国担保法〉若干问题的解释》第60条中规定：县级以上人民政府对登记部门未作规定，当事人在土地管理部门或者房产管理部门办理了抵押物登记手续的，人民法院可以确认其登记的效力。在第58条中规定：当事人在同一天在不同的法定登记部门办理抵押物登记的，视为顺序相同。因登记部门的原因致使抵押物进行连续登记的，抵押物第一次登记的日期，视为抵押登记的日期，并依此确定抵押权的顺序。第59条则规定：当事人办理抵押物登记手续时，因登记部门的原因致使其无法办理抵押物登记，抵押人向交付权利凭证的，可以认定债权人对该财产有优先受偿权。这些规定的目的，均在于弥补行政登记的不足与混乱。
    (二） 瑕疵登记的责任承担问题
     瑕疵登记，是指登记所记载的权利内容与事实不符。造成瑕疵登记的原因可能以是由于申请人的过错或恶意违法行为，如提供虚假、伪造的申请材料等，也可能以是由于登记部门出于部门利益而造成的违法过错，如强令抵押合同的当事人设定抵押期限；登记内容出现差错；申请人与登记部门的工作人员互相串通，进行欺诈或者虚假登记等。笔者认为不管以上的那种情况，一旦有利害关系的第三人因瑕疵登记而造成了损失，登记机关都有无法推卸的责任。因为正如本文所论述的这类登记的性质本身就是政府对个人能力无法查知的法律事实予以确认，以国家公信力作保障，以此来鼓励个人从事交易，促进市场的繁荣。
    按照依法行政的原则，对于违法和错误的登记行为必须予以撤销，但是，撤销或者变更该登记行为只能纠正该违法行为，并不能弥补有利害关系的第三人的损失，而第三人的损失却是基于相信了登记部门行为的合法性造成的。所以，行政机关应当按照信赖保护利益的原则给予一定的补偿。
    六、对建立统一的电子化行政登记制度的构想
    如何解决行政登记跟不上民事发展步伐的问题，许多学者提出了制定统一的不动产登记制度，将不动产的登记部门从行政机关中独立出来的设想。笔者在考虑，既然涉及民事领域的登记的主要目的是为了方便公众的查阅，那么建立一个统一的电子化登记制度，让政府将所掌握的登记信息及时准确的免费的提供给公众应该是值得一试的。且从世界范围来看，推进政府电子化、网络化、信息化，全面信息共享已是大势所趋，在世界各国积极倡导的“信息高速公路”的五个领域中，“电子政府”被列为第一位。