但是，客观地说，这种首次在突发灾害事件中，就同一问题连续地、大范围地处分失职官员。对于抗击非典由卫生部门的防疫工作到各级政府和“当务之急”、“重中之重”的转变起到极为重要的作用。各级组织指挥、职能机构得以高效运作，政府采取一系列政策措施得以贯彻落实，为抗击非典提供了强有力的领导和组织保证。
（二）日报告疫情、零报告制度与信息内外有别到及时公开透明的转变。
在非典疫情始发阶段，政府害怕社会会恐慌，没有及时发出有关疫情的真实信息，也没有让新闻媒体及时报道有关信息，对一个可能导致国际影响的传染病，也没有及时向国际组织传播疫情消息。反而反复强调全国各地疫情得到了有效控制，旅行和商务活动都是安全的。由于未能迅速掌握疫情真实情况，做好疫病预防、控制和治疗工作，导致了疫情的进一步失控和各种谣言四起，加重了人们心底的疑虑，对政府有关疫情的公开信息的信任产生了动摇，政府的公信力受到严重的影响。直至疫情引起了国际社会的广泛注意，西方主流媒体密集型地对中国进行大量负面报道，对中国政府的工作不足之处予以夸张性的报道和恶意指责，直接对我国政治体制进行诬蔑性攻击，非典问题演变成了变相的国际“制裁”。对我国政府公信力和国际形象的负面影响不亚于一场“软战争”。
4月20日，卫生部常务副部长高强在记者招待会上第一次承认中国有漏报疫情问题。同时对卫生部和北京市进行了批评。宣布自4月21日起，将疫情由过去的五日一报改为一日一报。所有的医院，包括军队医院都要对非典病例进行报告，地方政府对非典病例实行日报告和零报告制度，政府统计非典病例完全公开和透明。这样一方面满足了国际组织的需要，另一方面也让民众了解疫情的真实情况。政府这种由“内外有别”向“及时、公开、透明”转变的信息模式，非但没有引起群众的恐慌，造成社会的不稳定，反而让流言和谣言的传播缺少空间和动力，在最大程度上解除了人们可能发生的恐慌心理，提高了人们的承受能力。政府的公信力得以空前的提高。政府制定的政策和采取的一系列防治非典的措施得到了公众的广泛支持、积极参与条件的配合，增强了全社会抗击非典的信心，形成了上下一心、众志成城、抗击非典的局面，为抗击非典提供了强有力的社会基础和力量保证。
（三）23天一部法规与内部控制向依法运作机制的转变。
2002年11月广东省佛山市出现第一例非典病例，并在广东蔓延之后，又相继在包括北京在内的一些城市和地区蔓延，也暴露出我国传染病防治工作中法律体系的不足。由于对非典缺乏认识，加上一些医务人员缺乏必要的传染病防范的法律意识和相关知识， 一些非典患者没有得到及时有效的诊断和治疗，更没有采取严格的隔离措施，导致了包括医务人员在内的大范围的交叉感染。反映出我国传染病防治第一道防线的薄弱。在2003年3月底之前，非典传染实际上已经变成了全国性的问题了，虽然说各级政府可以直接采取法律手段控制此次疫情，可惜的是此次传染病是新病种，而与之相关的很多法律规定又不利于新病种的控制。根据1989年制定的《传染病防治法》，只有国务院和卫生部可以增加新的传染病种，而国务院和卫生部不可能轻易地根据地方疫情依法增加新的传染病，这使得地方政府在发现非典疫情后，只能参照传染病防治法进行防治，在选择政策方案，采取的直接政策手段等方面权力受到很大限制。对非典的调查、控制和治疗等，基本上还是地方性的问题。各地政府和有关的部门为减少人员聚集，遏制非典的扩散，相继出台了一些地方法规或行政措施，这些应对紧急状态的行政措施规定的立法层次较低，种类五花八门，缺乏可操作性，只能依靠公众的理解和支持运作。这种以内部的方式来控制局势的传统机制很快就失灵了。由于疫情越来越严重，4月1日，吴仪视察中国疾病预防控制中心，第一次在公开场合提出应急机制建议的问题。4月8日，卫生部以通知形式将非典列为法定传染病。4月23日，国务院的常务会议也决定将非典列为法定传染病，依法进行管理。4月14日，温家宝总理在国务院第四次常务会议上同意建立突发公共卫生事件应急机制。次日，国务院法制办紧急部署法规起草工作。5月12日《突发公共卫生事件应急条例》正式颁布实施。这是新中国成立以来出台速度最快的一部法规，只用了23天时间。5月14日，最高人民法院和最高人民检察院联合公布了《关于办理妨害预防、控制突发传染病疫情等灾害的刑事案件具体应用法律若干问题的解释》。《突发公共卫生事件应急条例》的制定和实施，标志着我国应对突发公共卫生事件进一步纳入法制化轨道，也标志着我国处理突发公共卫生事件应急机制进一步完善。防治非典实现了由内部控制的传统机制向依法运作机制的转变。