3、允许变更或撤回许可的理由过窄，缺少变更或撤回许可的期限限制。根据德国和我国台湾地区有关行政程序的规定，除我国《行政许可法》第8条规定的上述两种理由外，“为避免或消除对公共福利的严重不利”，行政机关也可变更或撤回行政许可。故按照“法无明文规定不得限制公民的权利和自由”的原则，当我国行政机关面对行政许可的存续将严重损害公共利益但又不属于《行政许可法》第8条所列理由时，行政机关将面临尴尬而无所作为的境地。另外，为确保法律关系的稳定性，防止信赖补偿费用过大，行政许可机关应自变更或撤回原因发生后及时变更或撤回行政许可，德国要求行政机关自知悉变更或撤回原因之日起1年内为之，台湾地区要求行政机关自变更或撤回原因发生后2年内为之[12]，但我国《行政许可法》对此没有任何规定。

　　4、在救济程序以外对违法行政许可的撤销也可能产生信赖利益补偿的后果，理应成为信赖保护制度的重要内容。从大陆法系行政法的理论来看，赔偿与补偿的根本区别在于前者是针对违法行为带来的损害，后者是针对合法行为带来的损害。但依《行政许可法》第69条之规定，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，可以根据利害关系人的请求或者依据职权，撤销违法的行政许可（《行政许可法》没有关于撤销期限的限制规定），因行政许可被撤销而致被许可人合法权益遭受损害的，应由行政机关依法给予“赔偿”。这一规定没有区分这种对违法行政许可的撤销是救济程序中的撤销，还是救济程序外的撤销。如果属于行政复议等救济程序外的撤销，那么因行政许可被撤销而给被许可人的合法权益造成损害的，行政机关应当承担“补偿”责任，而非“赔偿”责任。由于行政许可属于金钱给付以外的授益行政行为的范畴，按照行政法理，行政机关在决定是否撤销违法行政许可时，就必须合理权衡两个相互冲突的原则，即依法行政原则和信赖保护原则[13].在具体案件中，行政机关通过权衡撤销决定对被许可人的影响、行政许可的存续对社会与第三人的影响、行政许可的种类、行政许可违法的严重程度、违法行政许可作出后的时间长短等因素，认为被许可人的信赖利益值得保护的，不论被许可人的信赖利益是大于还是小于恢复合法性的公共利益，都只能在充分补偿被许可人的信赖利益损失后，方能撤销行政许可。[14]行政机关撤销违法的行政许可，应根据相对人的申请，补偿有关“财产不利”（《行政许可法》第69条规定的是“合法权益”损失，而不限于财产损失）。该“财产不利”是因被许可人相信行政许可的确定力而生，但以其信赖依公益衡量需要保护的范围为限。例如，行政机关以行政许可违法为由撤销发给甲的建设许可证，甲可根据是否已经开始设施的建设、工程是否已经竣工等情况，要求行政机关补偿设计支出、因与建筑公司解除合同造成的支出以及施工本身的支出成本等，但其获得的补偿总额不得多于该设施的客观价值（即补偿的上限）。