依照《中华人民共和国土地管理法》第七十六条、十一条和《中华人民共和国行政诉讼法》第六十一条第三项和第五十四条第(二)项之规定，判决如下：
　　一、维持海口市振东区人民法院(2000)振行初字第2号行政判决书第一项。即“维持海南省国土海洋环境资源厅琼土海环资法字(2000)3号行政复议决定书第一项处理决定，即海南省百货公司经批准使用的5600平方米土地使用权依法予以保护的决定”；
　　二、撤销海口市振东区人民法院(2000)振行初字第2号行政判决书第二、三项。即“超越批准数量多占用的555平方米土地按海口市基本建设局设计室1978年绘制的红线图所确认的位置由百货公司退出”；撤销海南省国土海洋环境资源厅琼土海环资法字(2000)3号行政复议决定书第二项决定，即百货公司退回红线图，用地科重新核发的决定。
　　三、维持海南省国土海洋环境资源厅琼土环资法字(2000)3号行政复议决定书中的第一、二、四项。即“维持海口市国土海洋资源局市土海用字(1999)0198号行政处理决定中第一项‘你司经批准使用的5600平方米土地使用权依法予以维护，超越批准数量多占用的555平方米土地由你司退出’的决定”；“维持海口市国土海洋资源局市土海用字(1999)0198号行政处理决定中第三项‘你司所持的用地红线图限于接到本决定之日起15日内退回我局土地利用科重新核发’的决定”；“对于退回的土地使用安排，要符合合理利用土地的基本原则”。
　　四、撤销海南省国土海洋环境资源厅琼土海环资法字(2000)3号行政复议决定书中的第三项，即“撤销海口市国土海洋资源局市土海用字(1999)0198号行政处理决定中第二项‘为合理开发利用土地，根据目前用地实际，决定收回你司所持的用地红线图，按照批准的用地数量重新调整和明确你司的用地范围’的决定”。
　　一、二审诉讼费各100元均由被上诉人海南省百货公司负担。
　　本判决为终审判决。
　　
审　判　长　　陈会逢　　
审　判　员　　吴奇新　　
审　判　员　　李冬云　　
二○○○年八月二十一日　　
书　记　员　　戴恩海