公司这样扣工资和延发工资对吗?

我已经于12月离职,是我自己辞职的.
因为公司共工厂的货款问题: A订单 + B订单,其中A订单正常生产,并支付了预付款,但B订单在支付预付款后取消,并且经过公司共工厂协商, B订单中支付的预付款并入A订单的剩余货款当中,但是多出了1万多元.公司要求工厂退回,但由于公司财务和工厂都有拖拉办事的原因在里面,并且公司还在欠着这家工厂其他的货款费用(C订单,D订单,等等)工厂的意思是将这1万多元也不退回了,直接并到其他为结算的货款里面.并且工厂与公司财务联系,将写一份传真证明这件时间并传到公司作为说明.
这是在我辞职前发生的事情,并且在我辞职的时候,我也让公司写了一份证明来说明这个事情.因为我做的是采购和销售问题,公司人事在我辞职后联系我说可能还有部分工作需要联系工厂,希望我离职后也能帮助联系.我就答应了.但是这段时间通过联系中我发现,公司还是要求工厂把这笔1万多元退回,工厂不同意,要求还是写一份传真证明.
大体情况就是这样.为了这件事情,我10,11月两月的工资被拖延发放,一直到我离职的那一天,人事告诉我,公司会把10,11,12月的工资一起先进给我.但是等我到公司领取的时候,又告诉我今天财务出去了,今天拿不到钱,在我的一再坚持下,拿到了10,11月份两月工资先进.但是12月份工资在2013年1月中旬发放说不能现金给我,到了2013年1月中旬会汇入我的卡中.一直等到1月中旬还是没有入账,我去电话询问,被告知于工厂之间的协商为达成共识,所以这部分工资要拖延发放.而且时隔这么长时间没有人通知我说与工厂的协商有问题,是我再工资发放那天自己电话过去询问的才告诉我.我都以为已经都解决了只要工资入账就可以.

我目前已经不相信这家公司给我的承诺.
请问这样的话我应该通过怎样的途径保护自己的权益? 拖延发放公司是否合理?
如劳动仲裁的话,我个人认为已经不需要先内部和解的过程,直接上诉,或仲裁,是否可以?

希望律师能帮助我.
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谢谢各位.~