无证无照工厂不按约定月薪算结工资，且乱扣款如何处理？

本人自3月10日始，在深圳市横岗镇安良八村荔园路8号的一家名叫“俊辉精雕及激光焊接”（无挂牌）的加工厂做精雕师傅，谈好底薪为5500/月，每月上班26天，另无加班费，若上班天数超出26天，则多余天数工资按平时的1：1计算。每天上班不超过3小时。
    自从上班后，发现工作强度超出我的预想，多半工作日的实际加班时间超过4小时，而且基本上是全天站姿工作，上班不到两周便发现本人身体不适，每到下午四点以后，腰酸背痛；另每天与金属切削液直接无无防护接触达十几个小时，令本人手上部分皮肤轻微过敏，过了些日子，好像有抵抗力了，红色的小疹子消失了。但我心中仍担心会有慢性危害，于是偷偷地看了该切削涂液的说明书，该说明书后面特别提醒，不能直接长时间或反复与此品接触，每次接触后必须及时彻底地清洗干净。出于以上两种原因，我在上到第23个工作日时，我向老板提出辞职。
    老板在我再三要求下批准了我辞职（因只是仅有十多个人的小型加工厂，所以并没有书面辞职书，只是口头上的）。但不愿意以约定的月薪来算工资，只按4000月薪为基数算，22.5天，就只有3460块钱了，与一个普工工资相当了。而且当日还不给发工资，要等到其他员工发上月工资时再打电话叫我取，另还要扣生产中做坏的产品货款。其实这并不是我做坏的，是工厂工艺及设备问题，但老板不管，他说他不懂，而我是才师傅，得全部由我负责。调好机了是给过他确认了的，只是因设备及工艺稳定性差，导致了少量不良产品。而且这种次品赔偿金是仅针对我一个人，他说因为我只做这么久，没给他们带来很大效益，所以才扣的，以前是从没扣过其他师傅的钱的。如果他扣款合法，那我应该承担多大责任比例？
    现在我的问题有3：1，我是试用期内辞职，他却要一个月后才给我工资合法不？2，我的约定底薪是5500，现在只按4000算，合法否？能否要求按5500算？3，我们约定每天加不得超过3小时，但多半工作日却超过了4小时，这超过的工作时间如何工资？4，可否以超时加班及未给劳动防护用品为由要求他支付半个月的违约金？5，此厂为无证无照加工厂，可否申请劳动仲裁？6，申请仲裁时，需要哪些证件，现本人只有离职当天与老板的激辩录音记录，内容涉及到：一，月薪5500，老板只以4000月薪算工资，我要求用手机拍照我的出勤卡记录，被老板抢夺，并一度造成推搡，（若不是我的性子好，那天肯定大打起来了。），老板要求扣除不良品货款，具体数量要等到出货后才结果，这是拖延一个月后再给我发工资的一个最重要的原因。另争辩过程中，还曾威胁只按1500的普工底薪给我算工资，这已记录下来了。现在我就这么一份长达约45分钟的录音证据，另还有一份在老板抢夺出勤卡时抓拍的出勤卡照片，因是正在剧烈晃动中，且光线较暗，所以拍出来的、清晰度很差，只能隐约看到我的姓名。详细出勤记录看不清。还有两把进他们工厂饭堂及宿舍的钥匙没交给工厂，准备等拿到工资时再还给他们。就凭这几份证据能否向劳动部门举报并申请仲裁？若证据不够，还需要收集哪些证据？（注，该厂所有人都无工作证，只有一张长期挂在卡钟边上的出勤卡。至于其他同事估计也不会做证的，因为人家还要在哪做事，怎好意思背叛老板？）