就业协议与劳动合同的签订是否冲突

2012年六月初签订了：黑龙江省普通高等学校毕业生就业协议书，七月份毕业。就业协议书中，其他约定事项：违约金人民币5000元，见习期一年，含六个月试用期，见习期满鉴定合格者定岗，实行岗位工资。同年九月到用人单位报到，签订劳动合同（三年）劳动合同上只说提前30个工作日内提出辞职书面申请，并没有提出违约金。同时还签订一份见习就业协议，这份协议当时好像一式三份，但是都在用人单位那，我手里没有。现在我想辞职，需要拿违约金么？这违约金是不是就是见习期一年内辞职才需要拿？过了见习期就不需要拿了？如果需要拿违约金，这一年的期限是从签订就业协议当天算起一年，还是去用人单位报到当天算起一年？就业协议书有效的期限是多久？学校曾经说，会追综毕业生三年的工作情况，如果三年内毕业生不在就业协议书上所签订的单位工作，需给学校一笔违约金，这合法么？