关于三方协议毁约，毁约金，公司私自扣押我的三方协议问题

我4月8号去广东某公司工作，签订了三方协议。两个月试用期，我在4月16号提出辞职，公司主任也同意了我的辞职。5月20号收拾东西回家了。但后来我获悉，我的辞职没有效，公司当我自动离职。因为我没有向人事部提出申请，所以不发当月工资。经获悉，我的三方协议没有填写违约金额，在甲方处仅盖了一个公司的章，日期签名都没有填写。学校也没有盖章。我走得太匆忙，没有拿三方协议走。现在我打电话要回来，公司以各理由推脱，故意扣押三方协议，并且打算要我交违约金。但三方协议上面并没有填写违约金额。我想拿回三方协议，向学校重新申请一份。我应该怎么做才能要回我的三方协议？企业这样做是否违法？三方协议如果我要不回来，对我影响大不大？是不是领了毕业证后就不用三方协议了？像我这种情况，三方协议是否有效？最主要的就是我怎么样拿回我的三方协议呢？