学习费用加工资三倍的违约金

本人因工作的需要，去年九月份医院给外出学习，当时签订了协议，协议中提出学习后需工作五年，违约的话违约金为学习费用的三倍及学习期间工资的三倍，本人于6月23号提出书面辞职，7月25号办理辞职手续，单位人事科要求赔偿工资及学习费用三倍的违约金，去劳动仲裁咨询，工作人员说我可以先按劳动法规定给支付违约金，本人支付学习费用数额，但人事科不要，说必须支付三倍，想办手续就得按协议上的交2万多的违约金，当初的学习培训费用是3000元，交通费是580元，我的协议掉了，人事说可以复印一份给我，协议是签名了的，就得按照公司规定、按协议执行，要是有疑问当时为什么要签，但我当时也不知道劳动法有这规定呀，要是知道肯定不会签字了，现在是不交那么多钱，手续办不了，离职证明也拿不到，执业证变更也拿不到，我是护士，执业证不能变更以后就就不能在干护士了，我现在应该怎么办。