劳动合同-自动离职问题

本人是2008年本科应届毕业生，7月18号入富士康工作实习期为半年即2009年1月18日实习期满，临近春节由于公司状况不佳准备放假一月本应该是1月21日起开始放假，但是由于公司地处深圳，返乡车票不怎么好买，故公司允许提起几天让部分买到车票的人，申请提前放假，但是明年就早一点来上班。我从同学那里拿到一张1月17日（此时我尚未过试用期）公司专列的车票，由于时间仓促写了一个申请的电子表格申请单，同时也有发了一份请假电子表格给我们的生产管理。也有让我的上一级主管审核，（电子表格申请单会自动传到部门主管处）而未找部门主管审核，但是部门主管以我不尊重他为由不给予审核。因此我就连续矿工五天，公司规定凡是矿工3天以上就算自动离职，现在我已经自动离职。我们本科生在进公司时签订了一份新干班专项培训协议，上面规定如果我们违约将会赔公司7500元，协议中并暗含着如果不赔就不给办理户口和档案迁移同时可能没有离职单之类的，可能对找下一份工作比较困难。我的户口和档案是没再那里了，但是怕对我找下一份工作有困难，其他公司不敢接受我。而且新劳动法规定员工在离开公司之前需要提前3天让公司知道。同时我也不想在那里干了。现在我一片混乱不知道怎么办？希望大家给我指条明路，我不想惹上什么麻烦。