工厂在员工自动离职后扣押员工工资是否合法

我有个亲戚，今年5月到南昌市高新区联创电子厂入职上班，当时还还未满十八岁，在中秋过后，因为工作较累还有个人原因就未去上班已有一个星期，期间没有向他领导或部门请假，工厂有规定3天无故旷工算自动离职。
    现在他已经算自动离职，但有50天工资被工厂扣押，公司以自动离职为由不予发，并且不与我们协商。之前有签订过正式合同，我想请问下这种情况可以拿回被扣押的工资么，对方又不与协商，我们应该通过什么途径来维护自己的权益。