我想辞职，关于是否需要缴纳违约金的问题

我是13年的一个毕业设计，13年2月和现在的单位达成了就业意向，签订了三方和《就业意向协议书》，就业意向协议书有这两条规定，原文如下：

四、甲乙双方必须全面履行就业协议，违反协议的应承担相应的违约责任并向对方支付违约金人民币10000元（壹万元）。
五、签订本协议时。乙方需向甲方事先缴纳违约保证金10000元（壹万元），乙方按约定期限正式报到并与甲方签订劳动合同后予以返还。
 
我毕业之后，签订了正式的劳动合同（合同中并未有违约金的相关约定），也收到了返回的10000元。《劳动合同书》第九项，第3点有个内容：
3.甲乙双方之前签订的劳动合同或其他协议内容与本合同不一致的，以本合同为准

1.现在我想辞职，单位提出了交付违约金的要求，我想咨询一下我是否需要缴纳违约金？
2.另外，单位有组织过新员工培训，我是否需要缴纳培训费？
3.在《就业意向协议书》中的第四点，结合《劳动合同书》的第九项第3点，我是否要缴纳10000违约金？

谢谢您的解答。